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Investigadores del CReSA, National Veterinary Institute (Technical University of Denmark), The Pirbright Insitute (Reino Unido) y del Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (CIAD AC, Mexico) realizaron un estudio centrado inicialmente en la detección de aislados de PRRSV mediante el examen de grupos de secuencias de la ORF5 (genotipos 1 y 2) obtenidos en todo el mundo y publicados previamente. Luego, examinaron secuencias genómicas completas con el fin de determinar los posibles puntos de recombinación a lo largo del genoma vírico. Para la ORF5 se analizaron por separado 11 conjuntos de secuencias del genotipo 1, provenientes de distintas áreas geográficas entre las cuales dos asiáticas, una americana, y siete europeas, y 3 conjuntos de secuencias del genotipo 2 provenientes de China, México y EUA.
Se detectaron posibles puntos de recombinación en 10 de los 11 conjuntos del genotipo 1. En nueve casos, la agrupación de al menos un aislado fue distinta antes y después del punto de recombinación. En el genotipo 2, se observaron posibles puntos de recombinación y agrupaciones distintas de cepas en 2 de 3 grupos de secuencias. Los resultados indicaron que la mayoría de los grupos de secuencias contenía al menos una secuencia recombinante. Cuando se examinaron secuencias genómicas completas, tanto los conjuntos de secuencias del genotipo 1 como los del genotipo 2 presentaban puntos de recombinación (10 y 9 respectivamente) lo que producía topologías significativamente diferentes antes y después del punto de recombinación. Se detectaron genomas en mosaico en secuencias del genotipo 1.
El PRRSV es uno de los virus más importantes que afectan a la producción porcina en todo el mundo, causando grandes pérdidas económicas y problemas sanitarios. Una de las preguntas clave sobre el PRRSV es sobre su diversidad genética, la cual se cree que tiene un impacto directo en la inmunobiología, epidemiología, diagnóstico y eficacia de las vacunas. Una de las causas de esta diversidad genética es la recombinación entre las cepas. Este estudio proporciona evidencia de que los aislamientos del PRRSV recombinantes son comunes en la mayoría de los países con producción porcina significativa, especialmente el PRRSV del genotipo 1. Esta observación tiene implicaciones sobre la correcta caracterización de las cepas del PRRSV, en el futuro desarrollo de los estudios filogenéticos y en el desarrollo de nuevas estrategias de control del PRRS. Además, este trabajo pone de relieve la necesidad de una comprensión más profunda de los mecanismos y circunstancias que intervienen en la generación de la diversidad genética del virus del PRRS.
Martín-Valls GE, Kvisgaard LK, Tello M, Darwich L, Cortey M, Burgara-Estrella AJ, Hernández J, Larsen LE, Mateu E. Analysis of ORF5 and Full-Length Genome Sequences of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus Isolates of Genotypes 1 and 2 Retrieved Worldwide Provides Evidence that Recombination Is a Common Phenomenon and May Produce Mosaic Isolates. J Virol. 2014 Mar;88(6):3170-81.